现有管理体制困境
农业用水管理存在不少问题。管理主体单一，方法过于行政化，与分散的用水户不匹配，导致行政费用持续上升。以许多农村地区为例，在农户用水调配上，行政干预既耗费了大量人力，又降低了调配效率。此外，这种体制偏重建设而忽视管理，重视硬件而轻视软件，缺乏有效的激励机制，对提升用水效率帮助不大。
水资源管理体系缺陷
一体化管理体系在从资源开发到回收利用的全过程中尚未建立。这导致相关管理机构职责不明确，农用水资源的开发、使用和分配无法得到合理、全面、科学的处理。例如，某些地区的农田灌溉缺乏统一的规划调度，水资源使用上存在不合理现象，有的地方缺水，有的地方却浪费严重。
现行水价政策弊端
当前的水价属于“政策定价”，它既不能准确体现供需关系，也不能有效促进节水。以前，农业用水大多免费或价格低廉，使得农民对水资源的价值认识不足，供水部门也因为无法收回成本而缺乏积极性，这对农业生产的稳定性造成了影响。举例来说，农村中一些老旧的水利设施由于资金短缺，维护不足，灌溉效果日渐下降。
水权主体与转让制度
法律明确规定，水库水使用权归属于集体经济组织，然而，真正使用这些水资源的是农村居民。建立一套农业水权转让的体系，并明确转让的具体条件和流程，这对确保城乡用水安全具有极其重要的意义。目前，由于缺少一套合理的转让规则，水权的流转变得十分困难。
政府管理手段局限
政府负责水资源的管理与分配，对大型项目的决策有帮助，不过，在农业用水调整和水权重新分配方面，采用行政手段的费用相当高。政府收集实时用水数据需要投入大量人力和物力。以跨区域农田用水调度为例，政府进行调研和作出决策的成本相当大。
节水技术与价格机制
我国广泛推广了节水灌溉技术，不过与发达国家相比，在效率上存在一定差距。目前，我们缺乏一套有效的节水技术研究、开发和推广的联动机制，而且农业管理的现状也带来了一定的阻碍。此外，迫切需要构建一个以市场为导向的农业水价体系，这包括农业与非农业之间的水权转让，以及农业内部的水权转让，同时这些转让必须符合宏观管理的相关规定。
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